Situationen ser mycket olika ut för de fiskar som omfattas av art- och habitatdirektivet. Bäcknejonöga, siklöja och nissöga uppnår gynnsam bevarandestatus, men bland de övriga finns det stora skillnader i bevarandestatus och utveckling.
Åtgärder har genomförts som gynnar flera arter, och för dessa ser framtiden ljus ut. För andra är prognosen dock dyster, och för att förbättra situationen behövs såväl fördjupad kunskap som riktade åtgärder. Sedan förra rapporteringen har en tydlig förbättring skett för siklöja i samtliga regioner, medan den positiva trenden för lax i kontinental region helt avstannat.
Havsnejonöga är den enda av de bedömda arterna där utbredningen fortsatt minskar. Eventuellt kan bristen på lämpliga värddjur (stora fiskar) vara en bidragande orsak till den fortgående minskningen. Vattenkraftens påverkan på arten är dessutom omfattande.